1937年日軍入侵南京戰火中六朝古都化為廢墟眾多中國軍民被困城中一支十數人的國軍德械教導隊余部在長官李教官（佟大為 飾）指揮下從日軍手中救出了一批教會學校女學生而李教官等人至此喪失了出城的機會幸免于難的書娟（張歆怡 飾）等學生返回文徹斯特教堂隨她們一 起來到的還有受雇遠道至此收斂神父遺體的美國人約翰·米勒（克里斯蒂安·貝爾 Christian Bale 飾）此時的南京城中逃難的人們蜂擁進安全區和教堂尋找庇護十四名風塵女子強行進入教堂避難其中精通英語的玉墨（倪妮 飾）希望借助約翰的身份為一行人提供更多保護教堂的墻壁并不能阻擋日軍的鐵蹄教堂內的人們將面臨孰生孰死的選擇……